Sempre que trabalhar com 3D, você deve dar o seguinte glEnable:
glEnable(GL_DEPTH_TEST);
E seu glClear deve ser:
glClear(GL_COLOR_BUFFER_BIT | GL_DEPTH_BUFFER_BIT);

Você fez isso? Isso garante que os testes de profundidade serão feitos. Agora, o modo ortográfico deixa o cubo com uma sensação estranha mesmo, principalmente se vc gira-lo só na lateral. Afinal, tanto a parte de trás do cubo, quanto a da frente, são desenhadas exatamente do mesmo tamanho.

E sim, o local que você usou para definir a perspectiva está correto. Tem artigos sobre perspectiva e desenho 3D no futuro. Por hora, eu recomendo que você se foque no desenho 2D, como traçar bem linhas, pontos, etc…

Mas, se você realmente quiser, pode adiantar-se através do índice.

Agora, eu só consegui visualizar o cubo mesmo, rotacionando definindo primeiro a perspectiva
gluPerspective(45.0f, (GLfloat)width / (GLfloat)height, 0.01f, 100.0f);

Quando eu rotacionava sem definir a perspectiva eu simplesmente via as faces passando uma sobre a outra, como se todas elas estivessem em um plano só. É isso mesmo ou tem outra maneira de fazer?

Outra coisa, chamei essa função logo depois da
glViewport(0, 0, width, height);, está correto isso?

Abraçossss

Bem legal esses exercicios, continue deixando algo pra fazermos.